1949年廢除保甲制，為自然村莊；1952年為耿巷、柏林院兩農(nóng)業(yè)初級合作社；1958改為耿巷、柏林院兩大隊，屬朱灣公社；1965年隨朱灣公社劃屬耿巷公社；次年屬太陽升公社；1971復屬耿巷公社，同年建農(nóng)科大隊；1981年農(nóng)科大隊更名耿巷農(nóng)科大隊；1984年公社改鄉(xiāng)，大隊改村，改置耿巷鄉(xiāng)，置耿巷、柏林、耿巷農(nóng)科三村；1992年2月撤區(qū)并鄉(xiāng)，三村隨耿巷鄉(xiāng)并入?yún)芹祖?zhèn)；次年復屬耿巷鄉(xiāng)；2001年12月三村再次隨耿巷鄉(xiāng)并入?yún)芹祖?zhèn)；2007年村級區(qū)劃調(diào)整，耿巷、柏林院與耿巷農(nóng)科三村合并成立新的耿巷村，隸屬不變。