先秦時(shí)期相傳古代高陽(yáng)氏在椒陵山（又名覆釜山，在今城內(nèi)）建立古椒國(guó)。
春秋時(shí)為楚椒邑，后為全氏居住，故名“全椒”。
兩漢三國(guó)西漢始置全椒縣，初屬淮南國(guó)。
元狩元年（前122年）漢武帝復(fù)設(shè)九江郡，全椒改屬九江郡，轄于揚(yáng)州刺史部。
東漢建武二十七年（51年），全椒為侯國(guó)，屬九江郡。
建初四年（79年），全椒侯國(guó)改屬下邳國(guó)。
建安十一年（206年）國(guó)除，復(fù)為全椒縣。
三國(guó)時(shí)期全椒先屬吳，后屬魏，轄于淮南郡。
兩晉南北朝西晉復(fù)置全椒、阜陵縣，屬淮南郡。
東晉王導(dǎo)行“僑寄法”，僑置南譙州。
廢全椒縣，僑置山�？h，屬南譙州。
南北朝宋仍置南譙郡。
永初年間（420—422年）全椒為山桑、酂縣所在地，屬南豫州。
元嘉八年（431年）酂縣劃屬歷陽(yáng)郡，后廢帝元徽元年（473年），酂縣又劃屬新昌郡。
南齊，酂縣改屬臨江郡。
梁改南譙郡為北譙郡。
隋唐兩宋隋開皇（581—600年）初，廢北譙郡，置滁州。
大業(yè)（605—618年）初，州廢，復(fù)為全椒縣，屬江都郡。
唐武德三年（620年）復(fù)置滁州，全椒縣屬之。
天寶元年（742年），改滁州為永陽(yáng)郡，轄全椒縣。
乾元元年（758年），改屬滁州。
宋代，全椒屬滁州，隸屬淮南路，后屬淮南東路。
元明清元全椒屬滁州，初隸滁州路，后隸揚(yáng)州路。
明初，廢全椒縣入滁州。
洪武七年（1374年），以滁州隸鳳陽(yáng)府；十四年（1381年），復(fù)為全椒縣，屬滁州，仍隸鳳陽(yáng)府；十九年（1386年），升滁州為直隸州，全椒縣屬之。
清初，全椒縣屬江南行省。
康熙六年（1667年），設(shè)安徽省，全椒縣屬之。
后分屬安廬滁和道。
民國(guó)時(shí)期民國(guó)元年（1912年）4月，全椒縣直屬安徽省。
三年至十七年，屬淮泗道。
十七年至二十一年，屬安徽省。
二十一年以后，屬安徽省第五專區(qū)。
建國(guó)以后1949年1月25日，全椒縣解放。
4月21日改屬皖北行署滁縣專區(qū)。
1952年4月12日改屬安徽省滁縣專區(qū)。
1956年元月12日改屬安徽省蚌埠專區(qū)。
1961年4月13日蚌埠專區(qū)仍劃分為滁縣、宿縣兩專區(qū)，全椒縣屬滁縣專區(qū)。
1971年3月29日，滁縣專區(qū)改名為滁縣地區(qū)，全椒縣隸屬不變。
1993年元月5日，撤銷滁縣地區(qū)，設(shè)立滁州市（地級(jí)），全椒縣屬其管轄。