清河街道前身為潁南鎮(zhèn)；1996年3月，設(shè)立清河街道辦事處，屬潁州區(qū)管轄。
同時(shí)將原泉河鄉(xiāng)的文峰、二里井、蓮花、谷堆、七里河5個(gè)村委會(huì)和文峰一村、文峰二村、二里井新村、桃園4個(gè)居委會(huì)及中市街道辦事處的潁西居委會(huì)劃歸清河街道管理。
10月設(shè)立文峰街道辦事處時(shí)，將文峰一村、文峰二村、二里井新村、桃園、潁西5個(gè)居委會(huì)和文峰、二里井、蓮花、谷堆、七里河5個(gè)村委會(huì)劃歸文峰街道管轄。
1997年7月，從清河街道劃出七里鋪、陳莊、申寨、邢集、田莊、黃莊、張橋7個(gè)行政村，歸阜陽(yáng)市經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)管轄。
2003年9月，原清河村改建為清河社區(qū)，原東清村改建為奎星苑、三里崗、中清社區(qū)。
2006年12月，又劃出苗莊、洪郢、九里3個(gè)行政村及六里行政村的一部分歸阜陽(yáng)市經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)管轄。
2007年12月，劃出橋口、七里鋪、張橋、陳莊、南三角、黃莊、新陽(yáng)、邢集、申寨、田莊10個(gè)行政村歸新成立的京九路街道辦事處。
并且原賈莊村、西清村、六里村分別改建為賈莊社區(qū)、西清社區(qū)、萬(wàn)霖社區(qū)。
2008年3月，原清河社區(qū)劃分為清河社區(qū)和雙清社區(qū)，此時(shí)清河街道轄清河、雙清、奎星苑、三里崗、中清、賈莊、西清、萬(wàn)霖社區(qū)和沿河、十里井村。
2015年12月將潁西街道八里、卜子，京九路街道唐營(yíng)、九里、洪郢、張大營(yíng)村、肖營(yíng)村等5個(gè)社區(qū)和2個(gè)村劃歸清河街道。
2016年4月將清河、雙清、奎星、三里崗、中清、沿河、十里井全部和賈莊、萬(wàn)霖、西清部分劃轉(zhuǎn)到文峰街道和鼓樓街道管轄。
截至2021年末轄西清、唐營(yíng)、苗莊、九里、洪郢、萬(wàn)霖、八里、卜子和張大營(yíng)、肖營(yíng)10個(gè)社區(qū)。