民國三十六年（1947年）12月，崔村地區(qū)屬昌順縣三、四區(qū)。
1949年4月，昌順縣分為昌平、順義2縣，屬昌平縣三、四區(qū)。
1950年，崔村地區(qū)除八家村與西峪村合并為西峪村外，其他村都以自然村成立村政府。
1953年7月，村政府改制為小鄉(xiāng)。
1956年2月24日，昌平縣劃歸北京市，改昌平區(qū)，小鄉(xiāng)合并為崔村鄉(xiāng)，南莊村劃歸興壽鄉(xiāng)。
崔村鄉(xiāng)屬昌平區(qū)第四小區(qū)，駐小湯山。
1958年9月，由崔村鄉(xiāng)等3鄉(xiāng)合并為東風(fēng)人民公社。
12月，東風(fēng)、紅旗2公社合并為小湯山公社，下設(shè)10個工作站，崔村地區(qū)屬崔村工作站。
1961年2月5日，崔村工作站從小湯山公社析出，成立崔村人民公社，駐西崔村。
1963年2月14日，南莊村并入崔村公社。
同年，駐地遷至東崔村。
1982年12月，復(fù)建崔村鄉(xiāng)，轄12行政村不變。
1997年12月5日，崔村鄉(xiāng)改鎮(zhèn)。
1999年12月，昌平縣改區(qū)，崔村鎮(zhèn)隸屬昌平區(qū)。