1949年初命名深溪村。
1953年屬深溪鄉(xiāng)領有。
1955年深溪鄉(xiāng)撤銷，歸苦竹鄉(xiāng)領有。
1958年名深溪管區(qū)。
1961年名深溪大隊。
1984年改為深溪村。
2001年撤銷苦竹鄉(xiāng)，深溪村隸江豐鄉(xiāng)轄。
2003年12月深溪村3-10、13-15組和巖口村2-5組、和鯉魚村合并為深溪村，隸江豐鄉(xiāng)；深溪村1-2、11、12并入五育村，隸龍?zhí)舵?zhèn)。
2010年撤江豐鄉(xiāng)，其村隸龍?zhí)舵?zhèn)。
2012年改設深溪社區(qū)，隸龍?zhí)舵?zhèn)，2017年恢復為深溪村，名稱沿用至今。