清康熙年間（1662年至1722年），始置石船場，屬重慶江北廳仁里三甲；清光緒三十三年（1907年），老鴰石場并入石船場。
民國二年（1913年），隸屬江北縣仁里。
民國十八年（1929年），置石船鎮(zhèn)，先后隸屬江北縣第一區(qū)、二區(qū)、三區(qū)。
民國三十八年（1949年）9月，石船鎮(zhèn)改為石船鄉(xiāng)，屬第二區(qū)。
1949年11月30日，屬江北縣二區(qū)。
1958年10月，石船鄉(xiāng)與石龍鄉(xiāng)合并為石船公社。
1983年5月，石船公社改設(shè)石船鄉(xiāng)。
1991年9月，石船鄉(xiāng)改設(shè)石船鎮(zhèn)。
1994年1月，馬鞍鄉(xiāng)（石龍鄉(xiāng)）、梅溪鄉(xiāng)并入石船鎮(zhèn)。
2007年12月，麻柳沱鎮(zhèn)并入石船鎮(zhèn)。