東漢建安年初（196年），以年號(hào)建立建安縣，水吉受其轄。
北宋治平三年（公元1066年）屬甌寧縣為禾供里。
1913年建安、甌寧縣合并為建甌縣，先后為水吉鎮(zhèn)、北區(qū)、九區(qū)、六區(qū)。
1938年為全省直轄的三個(gè)特種區(qū)之一。
1940年10月置水吉縣，轄三鎮(zhèn)十一鄉(xiāng)，九十二保。
1949年解放后仍設(shè)水吉縣。
1956年撤縣并入建陽(yáng)縣，設(shè)水吉鎮(zhèn)和鄭墩區(qū)。
1958年9月改為水吉公社。
1966年改稱紅衛(wèi)公社。
1968年復(fù)名水吉公社。
1984年9月改水吉鎮(zhèn)至今。