明清時(shí)代屬崇泰里（今莒口鎮(zhèn)）管轄，民國十六年（1927）前，上黃墩、陳墩屬崇泰里，民國十七年（1928）廢除里圖；設(shè)區(qū)鄉(xiāng)，黃墩由一區(qū)（童游）水南鄉(xiāng)管轄，民國二十一年（1932）施行聯(lián)保制，黃墩隸屬城關(guān)聯(lián)保。
民國三十年（1941）屬城關(guān)鄉(xiāng)。
民國三十四年（1945）1月并鄉(xiāng)，城關(guān)鄉(xiāng)撤銷，黃墩隸屬景賢鎮(zhèn)。
到民國三十八年5月前，政區(qū)未曾變動(dòng)，建國后的1952年，考亭、周墩、嚴(yán)墩、黃墩合并四賢鄉(xiāng)，屬一區(qū)（城關(guān)）管轄。
1955年調(diào)整行政區(qū)，黃墩屬后山區(qū)。
1958年人民公社化，屬城關(guān)公社考亭大隊(duì)。
1961年黃墩生產(chǎn)小隊(duì)從考亭劃出，成立黃墩大隊(duì)，屬城關(guān)公社。
1984年黃墩大隊(duì)改為黃墩村，屬童游鄉(xiāng)管轄，2002年12月后屬潭城街道管轄至今。