馬尾歷史悠久，西周時，境內(nèi)屬七閩地。
秦時屬閩中郡。
西漢時屬東冶，東漢光帝建武元年（公元25年）各地商船經(jīng)過馬尾來往福州，開始了水上貿(mào)易，馬尾一帶人口漸繁。
屬侯官。
晉代屬原豐縣，從隋朝至清末，屬閩縣。
民國時期歸屬閩侯縣管轄。
唐乾元元年（758年），長樂郡改為福州，領(lǐng)閩縣、侯官等8縣。
宋太平興國六年（981年），今馬尾地區(qū)分別歸屬晉安東鄉(xiāng)和安仁鄉(xiāng)。
元明時期不變。
明憲宗成化十年（1474年）市舶司從泉州移設(shè)福州，琉球商人紛紛經(jīng)馬尾赴榕，馬尾港的地位更為突出。
清代末年，閩縣撤鄉(xiāng)建區(qū)，共分為11區(qū)，今馬尾地區(qū)分別屬于琯江區(qū)，馬江區(qū)，嘉嶼區(qū)。
1980年鴉片戰(zhàn)爭，各國兵商船來福州均停泊于馬尾港。
1866年，洋務(wù)派在馬尾創(chuàng)辦船政。
1884年在馬尾爆發(fā)中法海戰(zhàn)。
民國初叫馬江鎮(zhèn)，解放前屬林森縣第二區(qū)，設(shè)馬江鎮(zhèn)公所。
1949年馬尾區(qū)解放。
1951年設(shè)馬尾鎮(zhèn)人民政府，屬閩侯縣第三區(qū)公所。
1982年設(shè)馬尾區(qū)，直屬福州市。
1984年在馬尾設(shè)立經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)。
1991年3月國務(wù)院批準(zhǔn)設(shè)立福州高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)馬尾科技園。
1992年11月國務(wù)院批準(zhǔn)在馬尾設(shè)立福州保稅區(qū)。
1993年1月國務(wù)院批準(zhǔn)福州經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)沿閩江北岸向快安延伸，1995年12月馬尾街道更名為羅星街道，1996年馬尾區(qū)轄羅星街道和馬尾、亭江、瑯岐三鎮(zhèn)。
2000年設(shè)立瑯岐經(jīng)濟(jì)區(qū)，并沿用至今。