馬尾區(qū)位于東經(jīng)119°37′，北緯25°29′。地處福州市東南部，閩江下游北岸，距閩江口17海里。東瀕閩江，西與晉安區(qū)接壤，南與倉山區(qū)、長樂區(qū)隔江相望，東北毗鄰連江縣，地勢西北高東南低。土地面積26435.48公頃，海域面積約44平方千米。
【土地資源】2021年，馬尾區(qū)面積26435.48公頃。其中濕地為2061.9公頃，耕地939.5公頃，種植園用地806.3公頃，林地14771.73公頃，草地221.62公頃，城鎮(zhèn)村及工礦用地3654.76公頃，交通運輸用地1011.59公頃，水域及水利設(shè)施用地2547.58公頃，其他土地420.5公頃。
【礦產(chǎn)資源】2021年，馬尾區(qū)發(fā)現(xiàn)礦產(chǎn)資源8種。金屬礦有釷礦、釷鈮礦、鈮釷礦、鐵錳礦4種4處，為礦化點，遠(yuǎn)景差。非金屬礦有高嶺土礦、河砂礦、礦泉水、花崗巖石材礦4種10處。其中河砂礦位于海砂開采區(qū)域的禁采線范圍內(nèi)，屬禁止開采礦種；高嶺土礦點規(guī)模小，工作程度低，不具遠(yuǎn)景；唯一可使用的建筑用石料，資源豐富，受“三區(qū)兩線”限制影響，工作程度不高，資源儲量不明確。年內(nèi)，全區(qū)沒有批準(zhǔn)開采的礦山。
【森林資源】2021年，馬尾區(qū)林業(yè)用地面積14953.17公頃，按保護等級分為生態(tài)公益林面積11705.48公頃（其中國家級公益林9349.81公頃，省級公益林2355.67公頃）、商品林面積3247.69公頃。天然林4609.01公頃，其中天然商品林774.51公頃。按地類分：有林地面積13299.24公頃，疏林地面積331.17公頃，灌木林地面積865.41公頃，未成林地面積86.42公頃。森林蓄積量84.44萬立方米，森林覆蓋率47.18%。植被屬南亞熱帶雨林小區(qū)，經(jīng)鑒定的有126科304屬430種，其中蕨類16科21屬26種，裸子植物6科11屬19種，被子植物104科272屬385種；按生活型分，喬木154種，灌木106種，草本148種，藤本22種；屬國家二級保護的樹種有香樟、建柏、金毛狗等，零星分布于區(qū)內(nèi)。
【濕地資源】2021年，福建馬尾閩江河口濕地省級自然保護區(qū)總面積869公頃，其中緩沖區(qū)面積447公頃，占保護區(qū)總面積的51.44%；實驗區(qū)面積422公頃，占保護區(qū)總面積的48.56%。濕地各類型面積：河口水域400.6公頃，潮間帶泥灘467公頃，島嶼（1個）1.4公頃。主要保護對象為重點濱海濕地生態(tài)系統(tǒng)和水鳥資源，植物資源主要分布在白猴嶼島上。
【海洋資源】2021年，馬尾區(qū)海域面積約44平方千米，海岸線58千米；海島8個，其中居民海島1個。海域底棲生物近170種，其中軟體類近80種，甲殼類近50種。區(qū)內(nèi)浮游植物主要有藍藻門、綠藻門、裸藻門、金藻門、硅藻門、甲藻門六大類65種，其中硅藻門浮游植物居多。浮游動物主要有腔腸動物門、環(huán)節(jié)動物門、毛顎動物門、節(jié)肢動物門、脊索動物門五大門類，其中橈足類最多，有20多種；其次為水母，有10多種；枝角類主要有小擬哲水蚤、四刺窄腹水蚤、蔓足類幼體、捷氏歪水蚤、火腿許水蚤等。海產(chǎn)魚類及其他海生動物多產(chǎn)于瑯岐東南部閩江口，海水養(yǎng)殖主要品種有鱸魚、南美白對蝦、鋸緣青蟹、文蛤、縊蟶等。淡水養(yǎng)殖主要品種有草魚、青魚、鰱魚、鳙魚、鯉魚、鯽魚、鳊魴、羅非魚、鰻鱺等，其中草魚、鰱、鳙為當(dāng)?shù)厝斯ゐB(yǎng)殖的傳統(tǒng)品種，南美白對蝦為區(qū)重要養(yǎng)殖品種。
【水資源】2021年，馬尾區(qū)內(nèi)閩江過境長度37千米，支流有磨溪、馬鞍溪、水塘溪、雙頭溪、三合溪、上溪、水帶溪等14條溪流，河汊縱橫，形成網(wǎng)狀水系，溪流總平均逕流量1.95億立方米。地下水資源較貧乏，主要有松散堆積層孔隙水、風(fēng)化層孔隙裂隙水、基巖裂隙水3種類型，除瑯岐島個別地區(qū)水質(zhì)屬咸水、半咸水與山區(qū)地帶水質(zhì)含氟鐵外，其余水質(zhì)均良好。