唐代屬閩縣晉安鄉(xiāng)海畔里。
宋代屬閩縣晉安東鄉(xiāng)，里名不變。
元代，海畔里與海曲里(壺江、川石島，現(xiàn)屬連江縣琯頭鎮(zhèn))合并為嘉登海曲里。
明代，改為嘉登里。
清代，為閩縣東南二區(qū)嘉嶼區(qū)。
1934年屬閩侯縣四區(qū)；1935年改屬閩侯縣二區(qū)；中華人民共和國成立后，1949年8月17日瑯岐設(shè)閩江口軍民辦事處。
同年12月瑯岐屬閩侯縣二區(qū)。
1954年11月，二區(qū)轄閩瑯鎮(zhèn)和衙前、三平、吳莊、海嶼、云龍、金砂、鳳窩、龍臺、公婆等鄉(xiāng)。
1956年6月，瑯岐?jiǎng)潥w連江縣，同年，10月又劃歸閩侯縣。
1958年8月，瑯岐拆區(qū)并鄉(xiāng)，改為瑯岐鎮(zhèn)；同年11月成立瑯岐人民公社。
1961年11月，瑯岐由閩侯縣劃入福州市郊區(qū)。
1963年6月，瑯岐設(shè)區(qū)公所，轄10個(gè)人民公社、36個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)。
1970年，瑯岐從福州市郊區(qū)劃入連江縣。
1975年12月，從連江縣劃歸福州市郊區(qū)。
1984年，瑯岐人民公社改為瑯岐鄉(xiāng)。
1991年10月，瑯岐鄉(xiāng)改為瑯岐鎮(zhèn)，轄9個(gè)管理區(qū)，39個(gè)行政村，1個(gè)居民委員會。
1995年11月，瑯岐鎮(zhèn)劃入福州市馬尾區(qū)。
2009年轄1個(gè)社區(qū)居委會，27個(gè)行政村。