明溪歷史悠久，遠在新石器時代已有人類在漁塘溪一帶繁衍生息，創(chuàng)造自己的文明。
縣境秦屬閩中部，西漢屬閩越地，東漢為會稽南郡。
三國屬吳建安郡，晉屬晉安郡，隋代屬邵武、綏城地域，唐、五代至宋代屬汀洲和南劍州及邵武地，宋設清流縣明溪鎮(zhèn)（驛）。
明成化六年（1470年）以明溪鎮(zhèn)，取將樂、沙縣、泰寧、寧化和清流部分地置縣，初名歸化是“因有古歸化地在其中”及歸順朝廷成化之意。
在這前后，由于戰(zhàn)亂、災荒等諸多因素，大舉南遷的中原漢人，歷經(jīng)長途跋涉，幾經(jīng)輾轉(zhuǎn)之后，陸續(xù)在縣境內(nèi)居住，這里因而成為中原漢人聚居地。
客家人以先進的生產(chǎn)技術(shù)和發(fā)展的文化，促進明溪地方農(nóng)業(yè)和冶煉業(yè)的發(fā)展。
500多年來，主客和睦相處，共同建造家園。
清代至民國初，明溪屬汀州府、汀漳道。
民國20年（1931年）為蘇維埃福建省歸化縣革委會，列入中央蘇區(qū)版圖；民國23年成立福建省歸化縣蘇維埃政府，后又隸屬閩贛省蘇維埃政府。
民國22年5月，因與綏遠城和云南紫云縣同名歸化，就更改縣名。
以境內(nèi)的漁塘溪將城區(qū)分成大小阜，兩阜相對如“明”字，故更名明溪縣。
抗日戰(zhàn)爭時期屬福建第七、九行政督察區(qū)（長汀、永安），解放戰(zhàn)爭時期屬福建永安行政督察區(qū)，1949年10月24日明溪和平解放后屬永安專區(qū)。
1956年與三元縣合并，稱三明縣，屬南平專區(qū)。
1961年恢復明溪縣建置，隸屬三明專區(qū)（地區(qū)），現(xiàn)為三明市轄縣。