原屬古田縣境。
清雍正十三年（1735年）屏南建縣后，縣治設(shè)于雙溪，屬一都。
1914年，屬縣城中區(qū)。
1936年，屬第一區(qū)，區(qū)公署駐雙溪。
1940年，撤區(qū)設(shè)12個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)，設(shè)雙溪鎮(zhèn)。
1943年，全縣合并為8個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)，設(shè)雙溪鎮(zhèn)。
1949年中華人民共和國(guó)成立后，屬第一區(qū)，區(qū)公署駐棠口。
1950年9月，屬第四區(qū)，區(qū)公所駐雙溪。
1958年5月，撤區(qū)改設(shè)4個(gè)指導(dǎo)小組，設(shè)雙溪指導(dǎo)組。
1958年9月雙溪指導(dǎo)組更名為先進(jìn)公社，1959年5月又更名為雙溪公社。
1961年8月，全縣劃10個(gè)公社，設(shè)雙溪公社。
1984年10月，撤人民公社建制，成立鄉(xiāng)人民政府，改生產(chǎn)大隊(duì)為村民委員會(huì)，其轄區(qū)稱(chēng)行政村，改生產(chǎn)小隊(duì)為村民小組。
同年11月，改雙溪鄉(xiāng)為雙溪鎮(zhèn)，地名沿用至今。