建縣前屬政和縣政和里十八都。
明景泰六年（1455年）建縣后至清代分屬壽寧縣坊隅一、二、三圖。
1934年設(shè)青竹嶺聯(lián)保處，駐地外韋村。
1937年撤消聯(lián)保處設(shè)青竹嶺鄉(xiāng)，鄉(xiāng)公所駐地南門坑底村，轄12個(gè)保。
1941年6月青竹嶺鄉(xiāng)改由縣直轄。
1946年撤鄉(xiāng)屬鰲陽(yáng)鎮(zhèn)。
1949年7月壽寧縣人民政府成立，8月分別屬第一區(qū)（鰲陽(yáng)）、第二區(qū)（斜灘）。
1958年6月歸縣直轄，9月設(shè)登峰公社，駐地岱陽(yáng)村。
1959年3月撤銷登峰公社。
1961年5月設(shè)4個(gè)小公社，屬鰲陽(yáng)區(qū)。
1965年7月設(shè)岱陽(yáng)公社，轄10個(gè)大隊(duì)。
1981年7月改稱清源公社。
1984年社改鄉(xiāng)設(shè)清源鄉(xiāng)，轄14個(gè)行政村。
1990年增設(shè)余山崗、龜洋村，清源鄉(xiāng)共轄16個(gè)行政村。
2017年9月19日，經(jīng)福建省人民政府（閩政文【2017】318號(hào)）批復(fù)。
同意壽寧縣撤銷清源鄉(xiāng)，設(shè)立清源鎮(zhèn)。