清乾隆四十年（1775）屬馬巷廳。
1940年屬馬巷鎮(zhèn)。
1955年屬馬巷區(qū)，分巷西、巷南、巷東3鄉(xiāng)，1958年10月屬馬巷公社。
1961年屬馬巷、巷西、巷南、巷東4公社和馬巷農(nóng)場(chǎng)。
1982年屬馬巷鎮(zhèn)；1984年9月屬后濱鄉(xiāng)。
2021年1月6日撤銷馬巷鎮(zhèn)設(shè)立馬巷街道（閩政文〔2021〕3號(hào)），同年3月1日市政府同意將新店、馬巷兩個(gè)街道析置為新店、鳳翔、金海、香山、馬巷、民安六個(gè)街道。
馬巷街道下轄五美、友民、三鄉(xiāng)、后亭、五星、桐梓、后濱、曾林、后許、沈井、黎安、舫陽(yáng)、舫星、濱安、鄭坂、西坂、市頭、朱坑18個(gè)社區(qū)，街道辦事處駐后濱社區(qū)（廈府〔2021〕44號(hào)）。