原阿克塞哈薩克族自治縣位于海拔2800米的博羅轉(zhuǎn)井溝，處在阿爾金山的沖擊扇地區(qū)，居住在縣城的人們，除了少數(shù)人以正常職業(yè)維持生計(jì)外，游牧為當(dāng)?shù)厝说闹饕娣绞剑?953年敦煌縣以南的海子為中心地區(qū)置阿克塞哈薩克族自治區(qū)籌備委員會(huì)，1954年4月26日成立阿克塞哈薩克族自治區(qū)（縣級(jí)），駐博羅轉(zhuǎn)井。
1955年改名為阿克塞哈薩克族自治縣；1995年1月，國務(wù)院批準(zhǔn)同意阿克塞縣政府駐地由博羅轉(zhuǎn)井鎮(zhèn)遷至紅柳灣鎮(zhèn)。
1996年初，新縣城建設(shè)工作全面啟動(dòng)。
1998年縣城正式由博羅轉(zhuǎn)井鎮(zhèn)遷至紅柳灣鎮(zhèn)。