漢武帝元狩二年（前121），漢朝設(shè)酒泉郡，置郡府、太守，敦煌縣屬之。
元鼎六年（前111），析酒泉郡西部之地置敦煌郡，敦煌縣屬之。
王莽改敦煌郡為敦德郡，敦煌縣為敦德亭。
東漢復(fù)名。
曹魏、西晉承漢制。
永和元年（345）改郡設(shè)沙州。
東晉隆安四年（400）十一月，建西涼國(guó)，都敦煌，421年廢改置郡。
北魏太平真君五年（444）于敦煌郡置敦煌鎮(zhèn)。
北魏孝明帝時(shí)（516～518）罷鎮(zhèn)置瓜州于敦煌，旋改義州。
孝明帝正光五年（524）復(fù)改設(shè)瓜州。
北周武帝保定三年（563），并敦煌、鳴沙、平康、東鄉(xiāng)、效谷、龍勒六縣為鳴沙縣。
開(kāi)皇元年（581）改置敦煌郡。
三年置瓜州。
大業(yè)三年（607）置敦煌郡，改鳴沙縣為敦煌縣。
唐武德二年（619）設(shè)瓜州（治所敦煌）；武德五年（622），敦煌更名西沙州；貞觀七年（633），西沙州去“西”字稱沙州；天寶元年（742），又改稱敦煌郡；乾元元年（758）又復(fù)稱沙州。
大歷元年（766）五月，升格為中都督府。
吐蕃統(tǒng)治時(shí)期（786-848），置瓜州大節(jié)度府，轄瓜沙二州，沙州分為十三部落。
唐大中二年（848），敦煌人張議潮收復(fù)瓜、沙二州歸唐。
大中五年（851）在沙州設(shè)立歸義軍，張議潮為節(jié)度使，領(lǐng)有河西諸州。
歸義軍節(jié)度使府是河西政權(quán)的中心，設(shè)在沙州的敦煌縣城內(nèi)。
天祐三年（906）張承奉建立西漢金山國(guó)，敦煌城為王都。
后梁乾化元年（911）西漢金山國(guó)降格為“西漢燉煌國(guó)”。
后梁乾化四年（914），曹議金廢金山國(guó)，去王號(hào)仍稱歸義軍節(jié)度使，鎮(zhèn)沙州。
治平三年（1066），置沙州、瓜州二監(jiān)軍司。
成吉思汗二十三年（1228）三月，沙州隸八都大王，瓜、沙州廢；至元十四年（1277）復(fù)立沙州、瓜州；至元十七年（1280）升沙州為沙州路總管府，隸甘肅省行中書(shū)省。
永樂(lè)二年（1404），設(shè)立沙州衛(wèi)，成化十五年（1479）置罕東左衛(wèi)。
清雍正元年（1723），設(shè)立沙州所；雍正三年（1725）升沙州所為衛(wèi)；乾隆二十五年（1760）沙州衛(wèi)改為敦煌縣，隸安西直隸州。
1913年，安西直隸州改為安西縣，敦煌縣直屬甘肅�。�1936年敦煌屬甘肅省第七區(qū)行政督察專員公署。
1949年10月7日，成立敦煌縣人民政府，屬酒泉分區(qū)；1955年10月，酒泉、張掖、武威三專區(qū)合并為張掖專區(qū)，敦煌縣屬?gòu)堃磳^(qū)；1961年屬酒泉地區(qū)；1987年9月28日，改置市；2002年，敦煌市屬甘肅省直轄，酒泉市代管。