該村成立于1953年，行政區(qū)劃調(diào)整后，稱張掖縣堿灘鄉(xiāng)甲子墩大隊，1958年撤縣建市，稱張掖市堿灘鄉(xiāng)甲子墩大隊，1961年恢復(fù)張掖縣，稱張掖縣堿灘鄉(xiāng)甲子墩大隊。
1962年改為堿灘公社甲子墩大隊，1970年6月恢復(fù)為堿灘公社甲子墩大隊。
1983年11月更名為堿灘鄉(xiāng)甲子墩村民委員會，2002年1月撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，稱張掖市堿灘鎮(zhèn)甲子墩村民委員會，2002年7月張掖市撤市成立甘州區(qū)，更名為甘州區(qū)堿灘鎮(zhèn)甲子墩村民委員會至今。