兩漢、北朝北魏、西魏時期，昌寧鎮(zhèn)境域屬宣威縣。
北朝北周至隋時，屬姑臧縣。
唐時，屬明威府。
元時，永昌路。
明時，屬鎮(zhèn)番衛(wèi)。
清時，屬鎮(zhèn)番縣。
清乾隆二十七年(1762年），開墾。
民國二十三年（1934年），屬第一區(qū)，為昌寧鄉(xiāng)。
民國二十五年（1934年），屬第一區(qū)，為東西昌寧聯(lián)保。
民國三十六年（1947年），屬大壩鄉(xiāng)。
1950年1月，屬第八區(qū)，為第八鄉(xiāng)。
1953年12月，屬第二區(qū)，為昌寧鄉(xiāng)。
1956年9月，仍為昌寧鄉(xiāng)。
1958年10月，成立昌寧公社。
1960年7月，并入“八一“農場，為八分場。
1961年3月，從“八一“農場劃歸民勤縣，仍為昌寧公社。
1983年4月，設昌寧鄉(xiāng)。
2015年，撤鄉(xiāng)，設昌寧鎮(zhèn)。