肅州，戰(zhàn)國至秦為月氏地，漢初為匈奴右地。
漢武帝元狩二年（前121年），設酒泉郡。
肅州區(qū)屬酒泉郡管轄。
元鼎六年（前111年），境內設祿福、樂涫二縣，隸酒泉郡。
王莽時期，改祿�？h、樂涫縣為顯德縣、樂亭縣。
東漢改顯德縣、樂亭縣為祿�？h、樂涫縣。
西晉改祿�？h為福祿縣。
東晉安帝義熙元年（405年），西涼王李暠遷都福祿縣，歷16年。
北魏初置酒泉軍、樂涫戍，隸敦煌鎮(zhèn)。
北魏孝明帝孝昌二年（526年），改酒泉軍、樂涫戍為福祿縣、樂涫縣，隸酒泉郡。
北周將樂涫縣并入福祿縣，隸甘州。
隋文帝開皇三年（583年）置酒泉鎮(zhèn)，隸甘州。
仁壽二年（602年）置肅州，領福祿縣。
隋煬帝大業(yè)元年（605年）罷肅州，福祿縣隸張掖郡。
隋恭帝義寧元年（617年）改福祿縣為酒泉縣。
唐高祖武德二年（619年）置肅州，領酒泉、福祿、玉門三縣。
唐玄宗天寶元年（742年）改肅州為酒泉郡，轄酒泉、福祿二縣。
唐肅宗干元元年（758年）改酒泉郡為肅州。
唐代宗大歷元年（766年）后，肅州為吐蕃占據。
唐宣宗大中五年（851年），張儀潮收復肅州，歸唐。
唐昭宗大順元年（890）年，甘州回鶻占據肅州。
宋代肅州隸屬西夏黑水鎮(zhèn)燕軍司管轄。
元初置肅州，元世祖至元七年（1271年）置肅州路。
明太祖洪武五年（1371年）置肅州，隸陜西布政使司。
洪武九年（1376年）置肅州衛(wèi)，領左、中、右、前、后五所，轄境包括今肅州區(qū)、嘉峪關市、金塔縣。
清世宗雍正二年（1724年）罷肅州衛(wèi)，將肅州并入甘州府。
雍正七年（1729年）改為肅州直隸州。
1913年，改肅州直隸州為酒泉縣，隸安肅道。
1936年，隸甘肅省第七區(qū)行政督察專員公署。
1949年10月，酒泉縣人民政府成立，隸酒泉分區(qū)行政督察專員公署。
1955年10月，酒泉縣隸屬張掖專員公署。
1958年12月，酒泉縣、金塔縣合并建立專區(qū)級酒泉市，隸屬甘肅省人民委員會。
1961年12月，撤消專區(qū)級酒泉市，設縣級酒泉市，隸屬酒泉專員公署。
1964年11月，改為酒泉縣，隸屬酒泉專員公署。
1978年12月，隸屬酒泉地區(qū)行政公署。
1985年5月，改為縣級酒泉市。
2002年9月改為肅州區(qū)，隸屬地級酒泉市，并沿用至今。