1949年12月9日，武都縣屬武都專區(qū)管轄（專區(qū)、縣同治城關(guān)鎮(zhèn)）。
1958年4月11日撤銷武都專區(qū)，武都縣隨武都專區(qū)并入天水專區(qū)；12月撤銷康縣并入武都縣。
1962年1月，恢復(fù)武都專區(qū)，駐地仍在武都城關(guān)鎮(zhèn)。
1968年7月7日，武都專區(qū)、武都縣革命委員會在武都蓮湖廣場召開成立大會。
1969年10月1日，武都專區(qū)革命委員會更名為武都地區(qū)革命委員會。
1979年1月，武都地區(qū)行政公署成立（駐舊城山）。
1980年12月，撤銷武都縣革命委員會，成立武都縣人民政府。
1985年5月14日，國務(wù)院批準(zhǔn)武都地區(qū)更名為隴南地區(qū)。
2004年1月，國務(wù)院批準(zhǔn)撤銷隴南地區(qū)和武都縣，設(shè)立甘肅省隴南市（地級市）和武都區(qū)（縣級區(qū)），市、區(qū)政府駐地仍為武都城關(guān)鎮(zhèn)。
2004年6月，武都區(qū)政府正式掛牌。