東晉咸和六年（331）置寶安縣，范圍包括今深圳市、香港特別行政區(qū)、東莞市部分地區(qū)、廣州番禺區(qū)南部、中山市等地區(qū)。
深圳地區(qū)自從唐朝中期起歸入東莞縣管轄，因距離較遠，治理鞭長莫及，深圳、香港地區(qū)頻受倭寇、海盜侵擾，尤其在明朝中期以后，兵禍不斷，經南頭鄉(xiāng)紳的提議，在廣東海道副使劉穩(wěn)的支持與籌劃下，明朝萬歷元年（1573），在寶安故地建“新安縣”，取“革故鼎新，去危為安”之義，為東莞守御千戶所城，即現(xiàn)南頭古城。
清康熙五年（1666）裁新安縣歸并東莞縣。
清康熙八年（1669）7月復置新安縣，仍屬廣州府，轄治南頭。
清道光二十二年（1842）、咸豐十年（1860）、光緒二十四年（1898），英國先后割占或租借新安縣所轄香港島、九龍司、新界共1066平方千米的土地（1997年7月回歸中國）。
1914年，因與河南省新安縣同名，改名寶安縣。
1949年后，仍稱寶安縣。
1953年，縣治由南頭遷至深圳墟。
1979年，撤銷寶安縣設立深圳市，下設沙頭角、龍崗、葵涌、龍華、羅湖、南頭、松崗7個區(qū)。
1980年8月設深圳經濟特區(qū)。
1982年國務院批準恢復寶安縣建制。
轄深圳經濟特區(qū)之外的原寶安縣地區(qū)，屬深圳市。
1992年11月再撤寶安縣，分設寶安、龍崗2區(qū)，寶安區(qū)轄西鄉(xiāng)、福永、沙井、松崗、公明、石巖、龍華、觀瀾8鎮(zhèn)。
寶安區(qū)于1993年元旦掛牌辦公。
2004年轄鎮(zhèn)全部改為街道。
2007年5月31日，光明新區(qū)設立（為功能區(qū)）。
2018年9月19日，深圳市光明區(qū)揭牌成立，原屬寶安的光明街道、公明街道、新湖街道、鳳凰街道、玉塘街道、馬田街道劃歸光明區(qū)管轄。
2011年10月27日，龍華新區(qū)成立，（為功能區(qū)），2016年9月，國務院批準設立深圳市龍華區(qū)，原屬寶安的觀湖街道、民治街道、龍華街道、大浪街道、福城街道、觀瀾街道劃歸龍華區(qū)管轄。