東源縣地域為原河源縣主體。
南朝齊永明元年（483）從龍川析置河源，屬南�？�。
唐肅宗乾元元年（758）屬循州。
宋太祖開寶四年（971），屬禎州。
明太祖洪武元年（1368），屬惠州府。
清屬惠州府。
1925年屬東江行政區(qū)。
1949年屬東江專區(qū)。
1953年屬粵東行政區(qū)。
1956年屬惠陽專區(qū)。
1959年屬韶關專區(qū)。
1963年至1987年屬惠陽地區(qū)。
1988年1月，經(jīng)國務院批準，撤銷河源縣，設立河源市，原河源縣分設河源市源城區(qū)和河源市郊區(qū)。
1993年11月8日，撤銷河源市郊區(qū)，設立東源縣。