本轄區(qū)秦始皇三十三年（前214）屬南海郡；秦末漢初屬南越國；漢武帝元鼎六年(前111)置高要縣。
此后南北朝梁天監(jiān)六年(507)置高要郡；隋開皇九年(589)設(shè)端州，大業(yè)三年（607）改設(shè)信安郡；唐武德四年（621）復(fù)設(shè)端州，天寶元年（743）復(fù)置高要郡，乾元元年（756）改為端州；宋重和元年(1118)設(shè)肇慶府，元至元十六年(1279)改設(shè)肇慶路，明洪武元年(1368)復(fù)設(shè)肇慶府；明至清宣統(tǒng)三年（1911）一直設(shè)肇慶府；高要縣城歷為上述郡、州、府、路的治所。
民國時期先后隸屬粵海道、西區(qū)、西北區(qū)、第三區(qū)、第十一區(qū)。
公元1935年設(shè)肇市鎮(zhèn)，公元1940年改稱肇慶鎮(zhèn)。
中華人民共和國成立后至1988年，先后屬西江專區(qū)、粵中行政區(qū)和高要、江門、肇慶專區(qū)及肇慶地區(qū)。
1949年11月、1958年4月，肇慶鎮(zhèn)兩次升格為肇慶市（縣級），不久均撤銷，仍屬高要縣。
1961年4月，肇慶鎮(zhèn)再次升格為肇慶市（縣級），轄鎮(zhèn)南、獅山、寶月、雙東、二桂、漁業(yè)6個公社。
1988年1月7日，國務(wù)院批準撤銷肇慶地區(qū)，將肇慶升格為地級市，原肇慶市(縣級市)行政區(qū)域設(shè)立肇慶市端州區(qū)。