南磜鎮(zhèn)從明末建縣時(shí)稱獠頭，與石寨統(tǒng)稱為石寨鄉(xiāng)。
民國十年（1921年），仍稱石寨鄉(xiāng)，屬縣第五區(qū)。
中華人民共和國成立初期，劃為第四區(qū)，石寨分為南磜、北礤兩個(gè)鄉(xiāng)。
1958年，蕉梅合縣后并入梅東人民公社。
1961年3月，分出南磜人民公社，區(qū)域包括北礤鄉(xiāng)。
是年9月，南磜人民公社分出北礤人民公社。
1983年，撒社成立南磜區(qū)。
1987年，成立南磜鄉(xiāng)。
1993年10月，撤鄉(xiāng)改稱鎮(zhèn)。
2004年10月，撤銷北礤鎮(zhèn)，并入南磜鎮(zhèn)。