1946年，撤銷連陽安化管理局，置連南縣，縣府駐三江城，轄連陽瑤民聚居區(qū)。
1953年1月，與連山縣合并，把連縣的三江和陽山的寨崗劃入，成立連南瑤族自治區(qū)（縣級）。
1954年3月，原連山縣轄地劃出，恢復連山縣建制。
1955年9月，連南瑤族自治區(qū)改稱連南瑤族自治縣。
1959年3月，與連縣、連山、陽山合并為連陽各族自治縣。
1960年10月，陽山縣劃出，連陽各族自治縣改稱連州各族自治縣。
1961年10月，撤銷連州各族自治縣，恢復連南瑤族自治縣，屬韶關地區(qū)管轄。
1988年1月，新建清遠市，劃歸清遠市管轄。