清代，南頭地域為新安縣典史管屬地，有南頭鎮(zhèn)沙、新街、寺街、子街、石橋頭、第一甲（今名一甲）、崇鎮(zhèn)里、福源村（今福源街）、福慶村（今名福林）、田下村、關(guān)口、涌下、大石鼓、蘭圍村（今名常興圍）等村莊。
民國時期，初屬寶安縣第一區(qū)九街鎮(zhèn)、十約鎮(zhèn)、第一甲鄉(xiāng)。
后并區(qū)并鄉(xiāng)，屬第一區(qū)十約鎮(zhèn)、九街鎮(zhèn)；后再屬第一區(qū)南頭鎮(zhèn)。
中華人民共和國成立前屬寶安縣第一區(qū)南頭鎮(zhèn)、蓮城鄉(xiāng)。
1949年10月，中華人民共和國成立時，屬寶安縣蓮城、十約、南屏人民聯(lián)鄉(xiāng)。
1951年，屬第一區(qū)大新鄉(xiāng)、南頭鄉(xiāng)。
1953年7月，增設(shè)蛇口鄉(xiāng)，屬第五區(qū)大新鄉(xiāng)、南頭鄉(xiāng)、蛇口鄉(xiāng)。
1958年3月，屬南頭鄉(xiāng)、蛇口鄉(xiāng)。
是年9月，屬超英人民公社南頭生產(chǎn)管理區(qū)。
1961年7月，屬南頭區(qū)南頭公社南頭大隊、大沖大隊，蛇口公社大新大隊。
1970年，蛇口公社大新大隊劃歸南頭公社管轄，新設(shè)立圩鎮(zhèn)大隊，地域?qū)倌项^公社南頭大隊、大沖大隊、圩鎮(zhèn)大隊、大新大隊。
1979年1月，屬深圳市南頭區(qū)南頭公社。
1981年8月，屬羅湖區(qū)南頭公社。
1983年10月17日，設(shè)立大新辦事處，隸深圳市南頭區(qū)。
1990年9月，南山區(qū)成立，大新辦事處改稱大新街道，隸屬南山區(qū)。
1991年2月5日，大新街道更名為南頭街道。
是年2月，大沖村地域劃給新成立的粵海街道。
2001年9月，麻嶺居委會地域劃歸粵海街道。