秦屬桂林郡地。
漢初，屬南越國地。
元鼎六年（前111）置桂林縣，治今大樟鄉(xiāng)一帶，屬郁林郡，為今縣境最早的行政建制。
三國吳鳳凰三年（274）改屬桂林郡。
東晉大興元年（318）改屬晉興郡。
隋開皇十一年（591），桂林縣遷治今象州縣妙皇鄉(xiāng)，此后今縣境屬始安郡轄地。
唐及南漢，今縣境介于象、蒙、思唐等州之間。
宋介于桂、柳、象、潯、昭等州之間。
元介于靜江路、平樂府、潯州府和象州之間。
明清介于柳州府、潯州府、平樂府之間。
民國初，今縣地分屬修仁、蒙山、平南、桂平、武宣、象6縣。
1942年設(shè)金秀設(shè)治局，治今金秀鎮(zhèn)六拉村金秀自然村，屬廣西省。
1947年金秀設(shè)治局撤銷，原屬金秀設(shè)治局的各鄉(xiāng)復(fù)歸屬各縣。
1949年中華人民共和國成立后，今縣地仍分屬修仁、蒙山、平南、桂平、武宣、象6縣。
1951年修仁縣并入荔浦縣，今縣地分屬荔浦、蒙山、平南、桂平、武宣、象6縣。
1953年4月2日，設(shè)大瑤山瑤族自治區(qū)（縣級），屬平樂專區(qū)。
1954年增轄原石龍縣中平區(qū)大樟、互助2鄉(xiāng)。
1955年9月改為大瑤山瑤族自治縣，并分別劃桐木區(qū)、頭排區(qū)歸石龍縣、鹿寨縣。
1957年劃大樟區(qū)木山鄉(xiāng)歸桂平縣。
1958年7月改屬柳州專區(qū)。
1966年4月改為金秀瑤族自治縣，屬柳州專區(qū)。
1971年改屬柳州地區(qū)。
1984年8月增轄原屬象州縣的桐木公社和鹿寨縣的頭排區(qū)。
2002年屬來賓市。