解放前，屬羊磴區(qū)署第六七區(qū)芭蕉鄉(xiāng)管理。
1950年隸屬十一區(qū)，駐地芭蕉。
1958年公社化后，一度分別為芭蕉、新坪兩個(gè)管理區(qū)，黃溪村建黃溝溪大隊(duì)。
1961年建芭蕉公社和新坪公社。
1965年將新坪公社并入芭蕉公社，黃溪村隸屬芭蕉公社。
1984年調(diào)整體制，并區(qū)設(shè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)，芭蕉公社改為芭蕉鄉(xiāng)。
黃溪大隊(duì)改為黃溪村，隸屬于芭蕉鄉(xiāng)。
1992年，桐梓縣實(shí)行撤區(qū)并鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，芭蕉鄉(xiāng)和三穗鄉(xiāng)部分村合并建立芭蕉鄉(xiāng)，駐地芭蕉壩。
2003年，根據(jù)省、市要求，實(shí)施撤區(qū)合村并組，黃溪村維持原建置。
2016年芭蕉鄉(xiāng)改為芭蕉鎮(zhèn)，黃溪村屬之。