清道光年間（1821—1850年）屬貞豐州下江第四甲石屯亭。
民國(guó)二十九年（1940年），望謨建縣，石屯聯(lián)保屬第五區(qū)。
民國(guó)三十一年（1942年）1月，改為石屯鄉(xiāng)。
民國(guó)三十二年（1943年）2月，石屯、董萬(wàn)2鄉(xiāng)合并為石萬(wàn)鄉(xiāng)，屬望謨縣播東區(qū)。
1953年，劃歸樂(lè)元區(qū)。
1959年1月，樂(lè)元區(qū)和城關(guān)區(qū)合并建樂(lè)元公社（駐豈賴(lài)村），兩月后撤銷(xiāo)，分別組建樂(lè)元公社和城關(guān)公社。
石屯鄉(xiāng)改為石屯管理區(qū)。
1961年，撤銷(xiāo)并入平寨管理區(qū)。
同年恢復(fù)石屯公社。
1984年，撤區(qū)設(shè)石屯、林木山、包樹(shù)、打巖4小鄉(xiāng)。
1992年，4小鄉(xiāng)合并為石屯鎮(zhèn)。