清代屬寧古塔副都統(tǒng)轄區(qū)。
清光緒七年（1881）寧古塔副都統(tǒng)派員于三岔口地方設(shè)招墾局，招民墾荒。
清光緒十五年（1889），改設(shè)三岔口招墾總局。
清光緒二十八年十二月十三日（1903年1月11日），撤銷三岔口招墾總局，設(shè)綏芬廳，駐三岔口，三岔口地方設(shè)巡檢。
清宣統(tǒng)元年四月十五日（1909年6月2日），綏芬廳升改綏芬府，移駐寧古塔城，于三岔口設(shè)置東寧廳，“東寧”正式成為政區(qū)名稱。
1913年3月，東寧廳改為東寧縣，1914年6月隸屬吉林省延吉道。
1929年2月，由吉林省直轄。
1934年12月改隸濱江省。
1937年7月，劃歸牡丹江省管轄。
1939年6月1日，將東寧縣北部和穆棱縣細鱗河地區(qū)劃出，設(shè)置綏陽縣（縣政府駐綏陽鎮(zhèn)），同時將東寧縣治移至小城子，小城子改稱東寧街。
1943年10月改隸東滿總省。
1945年5月屬東滿省。
1946年4月屬綏寧省，同年10月屬牡丹江專區(qū)。
1947年8月屬牡丹江省。
1948年7月，劃歸松江省管轄。
同年10月，撤銷綏陽縣，并入東寧縣，縣政府移駐綏芬河。
1952年4月，東寧縣政府遷回東寧鎮(zhèn)。
1954年8月，松、黑兩省合并后，劃歸黑龍江省管轄。
1956年3月，屬牡丹江專區(qū)（1967年改稱地區(qū)）。
1975年8月15日，國務(wù)院批準，將綏芬河鎮(zhèn)劃出改設(shè)綏芬河市（縣級）。
1983年9月，東寧縣改由牡丹江市領(lǐng)導。
2015年12月撤銷東寧縣，改設(shè)東寧市（縣級），由牡丹江市代管。
名稱沿用至今。