原名“老縣城”，始稱“駱駝脖子”。
清末，清光緒三十二年(1906)，添設(shè)肇州廳，選定“駱駝脖子"修建衙署，遂為治城。
中華民國(guó)成立后，1913年為肇州縣城。
到1923年全城人口已達(dá)8900人，商鋪?zhàn)鞣涣至�，市面繁榮。
東北淪陷后，1934年夏，松花江泛濫，縣城被洪水沖毀，肇州縣署遷往“老城基"(今肇州縣城)。
洪水退后，城內(nèi)住戶所剩無(wú)幾，只稱“老縣城"。
同年12月，明確劃歸郭爾羅斯后旗管轄。
1935年經(jīng)偽旗公署與地方士紳商議，將“老縣城"定名為“肇源”，同年8月郭爾羅斯后旗公署由四站老爺屯移駐肇源城，后改稱肇源街。
1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利后，初設(shè)城區(qū)，1946年末設(shè)置肇源區(qū)，1949年改為第一區(qū)。
1956年4月，將郭爾羅斯后旗改為肇源縣，設(shè)置肇源鎮(zhèn)。
1958年9月，改稱肇源鎮(zhèn)人民公社。
1980年8月，改為肇源鎮(zhèn)。