明代分屬興文、岔曲、南王保。
清代西部屬南王保和岔曲保，東北部屬文興保。
民國初年因之。
1921年屬南區(qū)。
1929年屬第三區(qū)。
1934年屬第一區(qū)，分設(shè)皇帝廟、吳集、小商橋、洪山廟、石佛陳等聯(lián)保處。
1941年分屬商橋鎮(zhèn)、陳莊鄉(xiāng)。
1948年屬商橋區(qū)。
1949年分屬臺陳區(qū)、瓦店區(qū)。
1956年設(shè)皇帝廟中心鄉(xiāng)。
1958年成立皇帝廟公社。
1959年與王曲公社合并，屬王曲公社。
1961年屬臺陳區(qū)。
1962年從臺陳區(qū)劃出，設(shè)立皇帝廟區(qū)。
1965年復(fù)皇帝廟公社。
1984年改設(shè)皇帝廟鄉(xiāng)。