晚清時(shí)期，本縣共劃為12團(tuán)69保，三元?dú)w大木團(tuán)五谷廟聯(lián)保管轄；民國(guó)20年，賀龍率紅三軍來(lái)房縣，開(kāi)辟了以房縣為中心的鄂西北革命根據(jù)地，建立縣、區(qū)、鄉(xiāng)蘇維埃政權(quán)，三元?dú)w五區(qū)大木廠鄉(xiāng)管轄；民國(guó)25年，廢聯(lián)保為鄉(xiāng)，仍為5個(gè)區(qū)，三元?dú)w大木長(zhǎng)鄉(xiāng)管轄；民國(guó)33年，將大木廠鎮(zhèn)更名為大公鎮(zhèn)；民國(guó)37年，恢復(fù)土城區(qū)署，轄大公鎮(zhèn)等3鄉(xiāng)；1949年，房縣解放，8月起，先后建立大木等10個(gè)區(qū)，三元?dú)w大木區(qū)管轄；1951年，中共大木區(qū)委專門召開(kāi)群眾大會(huì)，追認(rèn)喬三元為革命烈士，并將三元居住的紅馬鄉(xiāng)改名為“三元鄉(xiāng)”；1952年為房縣四區(qū)三元鄉(xiāng)；1958年為大木公社大木街管理區(qū)三元大隊(duì)、東坡大隊(duì)、前進(jìn)管理區(qū)柳林大隊(duì)；1961年為大木區(qū)大木公社三元大隊(duì)、東坡大隊(duì)、前進(jìn)公社柳林大隊(duì)；1975年3月為大木區(qū)大木公社三元大隊(duì)、柳林大隊(duì)、東坡大隊(duì)；1984年6月為大木區(qū)大木鎮(zhèn)三元村、東坡村、馬進(jìn)洞鄉(xiāng)柳林村；1987年11月為大木鎮(zhèn)大木辦事處三元村、東坡村、馬進(jìn)洞辦事處柳林村；1989年4月為大木鎮(zhèn)大木辦事處三元村、東坡村、馬進(jìn)洞管理區(qū)柳林村；2000年10月24日三元、東坡合并為大木廠鎮(zhèn)三元村；2002年小村并大村，原三元村、柳林村合并為大木廠鎮(zhèn)三元村，下轄4個(gè)村民小組。
1931年賀龍率紅軍主力到大木，喬三元河紅軍一道生擒匪首劉成祿，9月初乘賀龍率主力東下洪湖之機(jī)，喬三元被大刀會(huì)杜明祥、楊煥清等匪徒殺害，1961年中共大木區(qū)委，召開(kāi)群眾大會(huì)，追認(rèn)喬三元為革命烈士，并將原來(lái)的紅廟村改為三元村以做紀(jì)念。
2002年合村并組，由原自然村三元村、柳林村、東坡村合并為現(xiàn)在的三元村。
轄區(qū)有千佛洞、灶兒巖、鐵索關(guān)、點(diǎn)將臺(tái)、射箭崖等旅游景點(diǎn)。