清嘉慶六年（1801）二月，筑房山寨，寨前有下店子市，光緒年間設(shè)軍馬鋪直保，屬西鄉(xiāng)白土堰團(tuán)；晚清，歸白土堰團(tuán)轄管；明國(guó)23年為一區(qū)所轄；1931年為軍店區(qū)蘇維埃鄉(xiāng)政府所在地；1941年9月，軍馬鋪與下店子合并為軍店鎮(zhèn)；1946年5月，軍店鎮(zhèn)轄25保；1949年10月，設(shè)軍店區(qū)；1950年8月，改為第二區(qū)人民政府；1956年3月，改為軍店鎮(zhèn)，轄軍店街、茅坪、羊峪、樂(lè)園、百家、化龍、軍馬“六鄉(xiāng)、一鎮(zhèn)；1958年11月，改為軍店人民公社，轄7個(gè)管理區(qū)，51個(gè)大隊(duì)，320個(gè)生產(chǎn)隊(duì)；1961年6月，改為軍店區(qū)區(qū)公所；1968年9月，成立軍店區(qū)革委會(huì)；1975年3月，房縣撤區(qū)并社，軍店鎮(zhèn)改為軍店人民公社革委會(huì)，轄軍店街、化龍公社、泗河公社、軍馬公社、竹橋公社的西嶺、莊房大隊(duì)；1977年11月15日，軍店公社軍店鎮(zhèn)的三個(gè)大隊(duì)（下店子、軍店、軍馬鋪）劃歸羊峪公社，并把羊峪公社改名為“軍店公社”，社址為軍店鎮(zhèn)，軍店公社改名為“化龍公社；1982年，軍店公社轄25個(gè)大隊(duì)，即一大隊(duì)（下店子）、二大隊(duì)（軍店）、三大隊(duì)（軍馬鋪）、易溝、滴水、高山旗、油茶山（石坡）杜溝、方畈、燈草溝、三溪溝、官橋、六谷、油坪、新農(nóng)村（下茅坪）郭莊、何家村、向?yàn)�、劉畈、月明、堆金（上茅坪），雙柏、中村、雙廟、回龍寺；1984年6月設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，撤銷公社、大隊(duì)、生產(chǎn)隊(duì)，建立區(qū)、鄉(xiāng)、村、居民組，軍店公社改名為軍店鎮(zhèn)，為縣轄鎮(zhèn)。
全鎮(zhèn)版圖面積為168.59平方千米，轄五鄉(xiāng)（雙柏、茅坪、羊峪、軍馬、泗河）一個(gè)辦事處（軍店街）；1987年9月，將泗河鄉(xiāng)劃歸化龍堰鎮(zhèn)。
軍店鎮(zhèn)轄軍店街，羊峪口、茅坪、雙柏、軍馬五個(gè)辦事處；1989年3月，又將辦事處改為管理區(qū)，將軍馬辦事處管轄的白果、指北、洞子三個(gè)村劃為指北管理區(qū)。
全鎮(zhèn)轄一個(gè)辦事處，五個(gè)管理區(qū)，33個(gè)村（居）民委員會(huì)；2001年1月，撤銷管理區(qū)和辦事處，將全鎮(zhèn)33個(gè)村民委員會(huì)合并為21個(gè)村（居）民委員會(huì)。
即：回龍寺，雙廟村并為中村村，下店子、軍店街、軍馬鋪三個(gè)居民委員會(huì)合并成立軍店街社區(qū)居民委員會(huì)。
杜家溝并入上茅坪，成立上茅坪村；燈草溝并入三溪溝村為三溪溝村；方家畈并入官橋村為官橋村；石坡村、滴水村并入易溝村為易溝村；土城村并入小峪村為小峪村；荒峪村并入軍馬村為軍馬村；洞子村并入指北村為指北村，保留的十二個(gè)村，有月明村、雙柏村、白果村、劉家畈村、向家灣村、何家村村、郭家莊村、下茅坪村、高山旗村、土坎村、松柏村；2005年稅費(fèi)改革時(shí)，將21個(gè)村民委員會(huì)合并為13個(gè)村（居）民委員會(huì)。
即：月明村、雙柏村、雙廟、回龍寺合并中村村為中村村；下店子、軍店街、軍馬鋪合并為軍店街社區(qū)居民委員會(huì)；高山旗、燈草溝合并三溪溝村為三溪溝村；郭家莊村、下茅坪村合并為下茅坪村；劉家畈村合并何家村為何家村村；方家畈村、官橋村合并向家灣村為向家灣村；石家坡村、滴水巖村合并易溝村為易溝村；荒峪村、松柏村合并軍馬村為軍馬村；土坎村、土城村合并小峪村為小峪村；洞子村、白果村合并指北村為指北村；杜家溝村合并上茅坪村為上茅坪村，現(xiàn)全鎮(zhèn)轄13個(gè)村民委員會(huì)、1個(gè)社區(qū)居民委員，3.91萬(wàn)人，160平方千米。