唐宋時(shí)，外遷移民在此開荒耕種，繁衍生息；明清時(shí)期，建立地方保甲，設(shè)立地方基層政權(quán)組織，查戶籍教化，催祖賦役；清光緒7年（1881年）為加強(qiáng)統(tǒng)治，興辦民團(tuán)，設(shè)立白雞鄉(xiāng)，穿山堰歸白雞鄉(xiāng)轄；后組織軍民相間的民團(tuán)組織，改保甲鄉(xiāng)里為團(tuán)，實(shí)行聯(lián)保甲制。
設(shè)穿山甲，歸五區(qū)所轄；民國24年（1935年）改穿山堰保；民國25年（1936年）歸五區(qū)（土城）白雞鄉(xiāng)所轄。
解放后，1951年設(shè)立穿山堰生產(chǎn)大隊(duì)歸白雞鋪轄；1975年3月隸屬于土城公社；1984年6月設(shè)立穿山堰村民委員會(huì)；2002年合組并村，將穿山堰村與四棵樹村合并為穿山堰村委會(huì)，歸土城鎮(zhèn)轄。