原東余店村：明朝嘉靖年間屬仁義鄉(xiāng)；清朝康熙年間屬惠育鄉(xiāng)；民國時期屬大中鄉(xiāng)；1949年屬京橋區(qū)；1956年為四合社，屬廣水區(qū)東余店鄉(xiāng)；1958年成立人民公社，為四合大隊，屬東風公社東余店管理區(qū)；1959年為四合大隊，屬廣水公社東余店管理區(qū)；1961年恢復區(qū)（鎮(zhèn)）建制，為四合大隊，1970年改為四新大隊，屬楊寨區(qū)東余店公社；1975年撤區(qū)并社，為四新大隊，屬楊寨公社；1980年更名為東余店大隊，屬楊寨公社東余店管理區(qū)；1983年設區(qū)建鄉(xiāng)，原東余店大隊分為余店村和湖嘴村，為余店村，屬楊寨區(qū)東余店鄉(xiāng)；1987年撤區(qū)并鄉(xiāng)，為東余店村，屬楊寨鎮(zhèn)。
原湖嘴村：1983年設區(qū)建鄉(xiāng)，原東余店大隊分為余店村和湖嘴村，為湖嘴村，屬楊寨區(qū)東余店鄉(xiāng)；1987年撤區(qū)并鄉(xiāng)，為湖嘴村，屬楊寨鎮(zhèn)。
2004年撤村并村，東余店村與湖嘴村合并為余店村，屬楊寨鎮(zhèn)至今。