宋仁宗至清前期土司制度時(shí)期設(shè)卯洞安撫司、百戶(hù)司。
清朝雍正十三年（1735年）改土歸流時(shí)，廢卯洞司設(shè)仁育里，廢百戶(hù)司設(shè)勇敬里。
1914年始設(shè)區(qū)鄉(xiāng)，百福司為四區(qū)；1933年編組保甲，百福司仍屬四區(qū)，區(qū)公所設(shè)在百福司，轄5鄉(xiāng)、1鎮(zhèn)、50保；1936年屬新三區(qū)；1941年，撤銷(xiāo)區(qū)署，仍保留百戶(hù)司區(qū)署。
百戶(hù)司鎮(zhèn)轄智樂(lè)、仁育、勇敬3鄉(xiāng)。
1943年，仁育改為安撫鄉(xiāng)，勇敬改為卯洞鄉(xiāng)。
1946年，重新劃分各區(qū)鄉(xiāng)鎮(zhèn)之區(qū)劃，整編保甲，設(shè)卯洞鄉(xiāng)，鄉(xiāng)公所設(shè)在百福司；設(shè)安撫司鄉(xiāng)，鄉(xiāng)公所設(shè)在安撫司街上。
1947年，百戶(hù)司區(qū)署撤銷(xiāo)，實(shí)行保甲制度直到解放。
1949年11月來(lái)鳳解放時(shí)仍沿襲舊制，1949年12月，建立來(lái)鳳縣人民政府，改保甲制為村組建制，設(shè)卯洞區(qū)。
1958年人民公社化時(shí)期，卯洞區(qū)和漫水區(qū)合并為卯洞公社。
1984年6月2日，設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，卯洞公社又劃分成百福司鎮(zhèn)和漫水區(qū)，至此百福司鎮(zhèn)成立至今未變更。