原三屋畈村，1956年為閻河區(qū)周家沖鄉(xiāng)紅星二社，1958年為龜山茶場磨子山分場三中隊，1960年為龜山茶場三八分場三大隊，1965年為龜山區(qū)熊家鋪公社三大隊，1967年為龜山茶場磨子山六大隊，1975年為龜山茶場三屋畈大隊，1984年為熊家鋪區(qū)邊店鄉(xiāng)三屋畈村，1987年為熊家鋪鄉(xiāng)三屋畈村，2001年熊家鋪鄉(xiāng)并入龜山鄉(xiāng)為龜山鄉(xiāng)三屋畈村，2009年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)為龜山鎮(zhèn)三屋畈村。
原邊店村，1956年為閻河區(qū)周家沖鄉(xiāng)紅星三、四、五社，1958年為龜山茶場周家沖三、四、五中隊，1964年為龜山區(qū)熊家鋪公社二大隊，1967年為龜山茶場月形塘分場二大隊，1975年為龜山茶場月形塘分場邊店大隊，1984年為熊家鋪區(qū)邊店鄉(xiāng)邊店村，1987年為熊家鋪鄉(xiāng)邊店村，2001年熊家鋪鄉(xiāng)并入龜山鄉(xiāng)為龜山鄉(xiāng)邊店村，2009年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)為龜山鎮(zhèn)邊店村。
2015年末行政區(qū)劃調(diào)整，三屋畈村、邊店村合并為現(xiàn)在的邊店村，屬麻城市龜山鎮(zhèn)管轄至今。