明、清時(shí)期隸屬于太東鄉(xiāng)。
民國(guó)時(shí)期隸屬于第三區(qū)。
1930年4月至12月隸屬于復(fù)盛區(qū)。
抗戰(zhàn)時(shí)期隸屬于梅川區(qū)。
1943年復(fù)屬于太東鄉(xiāng)。
1952年隸屬于第二區(qū)。
1958年成立馬干大隊(duì),隸屬于余川人民公社。
1961年隸屬于余川區(qū)太平小公社。
1975年隸屬于太平公社。
1984年全縣開展調(diào)整區(qū)、鄉(xiāng)、鎮(zhèn)設(shè)置工作,調(diào)整為馬干村,隸屬于余川區(qū)。
1987年隸屬于太平鄉(xiāng)。
2000年,太平鄉(xiāng)與余川鎮(zhèn)合并為新的余川鎮(zhèn),隸屬于余川鎮(zhèn),沿用至今。