晚清時期屬感化鄉(xiāng)；民國時期屬第三區(qū)；1950年成立鐘垸村公所；1953年成立初級合作社；1957年轉(zhuǎn)入高級合作社；1958年9月改為荷葉生產(chǎn)大隊，愛國生產(chǎn)大隊，屬衛(wèi)星人民公社所轄；1962年荷葉和愛國合并為鐘垸生產(chǎn)大隊，屬隔蒲區(qū)；1975年撤區(qū)并社時鐘垸大隊屬隔蒲公社所轄；1984年元月正式設立鐘垸村民委員會，屬隔蒲潭鎮(zhèn)。
2021年8月，廟頭村港灣、學堂灣2個居民點合并調(diào)整到鐘垸村，屬隔蒲潭鎮(zhèn)管轄。