明朝時屬云夢菸菟鄉(xiāng)；光緒年間為史河會、河西會，屬石羊鄉(xiāng)；1923年分屬第一區(qū)（縣城）、第五區(qū)（胡金店區(qū)）；1937年并區(qū)，分屬第一區(qū)（區(qū)署縣城）白鶴鄉(xiāng)、第二區(qū)（義堂）德澤鄉(xiāng)。
1944年8月，應城設(shè)西云區(qū)，下轄白鶴、饒河、民生三個鄉(xiāng)，囊括清明河鄉(xiāng)大部；清明河三合片則歸京安應邊區(qū)民主縣碧珊鄉(xiāng)（由小河、雙河、中河三鄉(xiāng)合并而成）管轄。
1945年抗日戰(zhàn)爭勝利后，調(diào)整為履仁鄉(xiāng)（治所胡金店）；1949年8月，調(diào)整行政區(qū)劃，屬新六區(qū)（胡金店）白鶴鄉(xiāng)、伍姓鄉(xiāng)。
1950年元月撤銷胡金店（新六區(qū)），劃歸城郊區(qū)，名為伍姓鄉(xiāng)；1951年6月，劃設(shè)小區(qū)小鄉(xiāng)，清明河地區(qū)分設(shè)白鶴、饒河、四合、兩河4個鄉(xiāng)；1953年小鄉(xiāng)合并，改為白鶴鄉(xiāng)、四合鄉(xiāng)；1954年10月，撤銷城郊區(qū)（第六區(qū)），仍歸胡金店區(qū)建制；1956年撤區(qū)并鄉(xiāng)，清明河鄉(xiāng)設(shè)兩河鄉(xiāng)，三合鄉(xiāng)；1958年9月成立上游（金店）人民公社，金店南部、府河西部統(tǒng)稱伍姓鄉(xiāng)；1961年2月改大公社為區(qū)，清明河轄白鶴、楊林、三合公社（部分）27個生產(chǎn)大隊；1970年所轄27個大隊合并為東升、紅心、東紅、團結(jié)、勝利、沿河、五七、長征、紅旗、七一等十個大隊。
1975年2月撤區(qū)并社并成立清明河人民公社，三合片的紅心、東升兩個大隊劃歸胡金店公社；設(shè)上（楊林）下（白鶴）片，共8個生產(chǎn)大隊；1979年3月，清明河公社并于胡金店公社，設(shè)楊林、白合兩個管理區(qū)；轄下劉、高河、大份、清明河、利民、順湖、沿河、桂花、三港、方廟、張夏、官渡12個大隊；1984年1月，政社分開，設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，清明河復屬胡金店社區(qū)，轄清明河鄉(xiāng)，白合鄉(xiāng)，三合鄉(xiāng)的紅心、衛(wèi)星、高廟、大尹、長李5個大隊；年初生產(chǎn)大隊改為行政村；1987年9月撤區(qū)建鄉(xiāng)并為鄉(xiāng)鎮(zhèn)一級，清明河鄉(xiāng)下轄17個行政村至今（其中一村后村改社）。
2021年8月，調(diào)整為三港社區(qū)、虹光社區(qū)、長李村、下劉村、大份村、沿河村、桂花村、官渡村、雙港村、紅旗村、新港村、紅星村12個村（社區(qū)）。