太子廟鎮(zhèn)素有千年古鎮(zhèn)之稱，東漢陽嘉三年（134）始屬于漢壽縣至今。
解放初期建立第十區(qū)太清鄉(xiāng)。
1956年撤區(qū)分別設(shè)置太子廟鄉(xiāng)，巖嘴鄉(xiāng)。
1958年9月與株木山鄉(xiāng)合并成立漢太人民公社，治所在太子廟。
1961年10月析出西北部，設(shè)株木山公社。
1981年4月，更名為太子廟人民公社。
1984年3月社改鄉(xiāng)。
1992年7月太子廟鄉(xiāng)更名為太子廟鎮(zhèn)。
同年在集鎮(zhèn)西北部的天星村和黃福村5.1平方千米區(qū)域內(nèi)，設(shè)置湖南漢壽經(jīng)濟開發(fā)區(qū)，后更名漢壽高新區(qū)。
2015年11月與原巖嘴鄉(xiāng)合并為太子廟鎮(zhèn)，治所設(shè)在太子廟。
同時將由高新區(qū)代管的黃福、天星兩個社區(qū)劃歸株木山街道管轄。