明代屬瑞昌縣金城鄉(xiāng)。
清名金一、金二鄉(xiāng)。
1912年屬下北鄉(xiāng)，后改為區(qū)。
1938年秋，日軍侵占碼頭，更名為泥灣鎮(zhèn)。
1945年后，泥灣鎮(zhèn)改名碼頭鎮(zhèn)，駐地碼頭街。
1950年元月，屬瑞昌縣碼頭區(qū)，下設9個小鄉(xiāng)。
1957年，合并為碼頭、黃嶺、武蛟3個鄉(xiāng)。
1958年9月，成立碼頭人民公社，范圍包括碼頭和黃嶺。
1972年，黃嶺劃出，仍名碼頭公社。
1984年3月，公社改為鎮(zhèn)。
2007年11月，原流莊鄉(xiāng)整體并入碼頭鎮(zhèn)。