商、周以前屬揚州；春秋時期屬吳地；戰(zhàn)國時屬楚地；秦時屬九江郡；東漢時屬廬陵郡。
漢獻帝建安四年（199）為遂興縣之一部分。
三國時吳大帝嘉禾四年（235）改稱新興縣。
西晉太康元年（280）復名遂興縣，其屬地并入泰和縣。
南唐寶大元年（943）設立了萬安鎮(zhèn)。
據(jù)傳乃辟地得石符一帖，上有八分書云“地界兩州，神秀所幡，更為都邑，萬民以安”，故名萬安。
又因遂興江口時起五色祥云，故又別稱五云。
古有“五云呈祥，萬民以安”之譽。
宋熙寧四年（1071）改萬安鎮(zhèn)為萬安縣。
元屬吉安路。
明清屬吉安府。
1914年屬廬陵道。
1926年直屬于省。
1932年屬第九行政區(qū)。
1935年屬第三行政區(qū)。
1949年8月，屬吉安地區(qū)專員公署管轄，1968年屬井岡山地區(qū)管轄。
1979年屬吉安地區(qū)行政公署管轄。
2000年8月，隸屬地級吉安市。
一直沿用至今。