建縣前屬安遠縣的滋溪堡、腰古堡，建縣后至清代，系腰古堡、滋溪堡的轄地，有部分屬項山堡。
1912年初，為兼三區(qū)，轄今吉潭、項山、劍溪3個鄉(xiāng)。
1930年，成立吉潭區(qū)蘇維埃政府。
1935年，復稱兼三區(qū)，1937年，設吉潭鄉(xiāng)。
1950年，成立吉潭區(qū)人民政府。
1951年1月稱第五區(qū)。
1953年1月改稱吉潭區(qū)公所。
1958年8月，設立躍進人民公社。
同年12月改稱吉潭人民公社。
1961年，吉潭分為吉潭、團壢、項山、聰坪、劍溪5個公社。
1964年，項山、聰坪2個公社合并稱項山公社。
1968年，項山公社并入吉潭公社。
1972年，劍溪、項山分出，另立公社。
1984年，撤銷人民公社，設立吉潭鄉(xiāng)。
1988年改為吉潭鎮(zhèn)，行政區(qū)域不變。
2000年1月，撤銷劍溪鄉(xiāng)，建制并入吉潭鎮(zhèn)。