船營區(qū)是吉林市古城舊址。
順治十五年（1658），清政府在現(xiàn)在船營區(qū)臨江門一帶造船，將此地稱為“船廠”。
康熙十二年（1673），清政府寧古塔副都統(tǒng)安珠瑚率八旗軍3000人移至臨江門一帶安營，籌備建城之事，由此得“船營”之名。
同年，始修吉林烏拉城池。
清雍正四年（1726）置永吉州，州治吉林城，設(shè)知州一員，永吉州所置泰寧、長寧兩縣，隸屬于奉天府尹，為五區(qū)之一。
1936年，實(shí)行町會(huì)制度，沿用“船營”命區(qū)名，下置迎恩、北山、馬神廟、柴草市、西倉、西石砬子、轉(zhuǎn)心湖7個(gè)町會(huì)。
1948年3月9日吉林市解放后，吉林市設(shè)10個(gè)區(qū)，船營區(qū)為內(nèi)五區(qū)（通天、德勝、船營、朝陽、昌邑）之一。
1953年5月1日與德勝區(qū)合并改稱第三區(qū)。
1956年2月，中共吉林市委發(fā)出《將以數(shù)字為名的區(qū)改為按地區(qū)稱呼的通知》，第三區(qū)改稱船營區(qū)，沿用至今。