早在新石器時(shí)代本縣為濊貊語族的先世的活動(dòng)區(qū)。
唐虞夏商時(shí)期，本縣為濊貊語族原始部落的活動(dòng)區(qū)。
西周春秋時(shí)期周宣王時(shí)，本縣屬韓侯地。
戰(zhàn)國秦漢兩晉時(shí)期，本縣為臣屬中原王朝的高句麗部落領(lǐng)地。
南北朝時(shí)期，本縣西部、中部、南部、東南部仍屬高句麗，東北部在北齊之前屬勿吉，北齊之后屬靺鞨之粟末部。
隋時(shí)，屬高句麗、靺鞨粟末部兩部分的疆域未變。
唐滅隋后，于總章元年，在原高句麗屬地設(shè)安東都護(hù)府。
唐初，隋時(shí)本縣屬高句麗的部分為安東都護(hù)府所轄，屬靺鞨粟末部的部分未變。
武則天圣歷元年，本縣屬渤海國長岺府。
遼時(shí)，本縣屬東京道咸州回跋部。
金時(shí)，本縣東北部（原屬靺鞨粟末部部分）屬上京路會(huì)寧府，西南大部分（原屬安東都護(hù)府部分）屬東京路婆速府。
元時(shí)，本縣屬遼陽行省開元路。
明洪武二十年，在東北地區(qū)北部設(shè)三萬衛(wèi)指揮使司，本縣屬之。
明嘉慶年間，本縣屬海西女真輝發(fā)部。
明萬歷三十五（1607），輝發(fā)部被建州女真人努爾哈赤所滅，并把此地封為圍場。
清初，本縣屬盛京將軍管轄的盛京圍場。
清光緒五年（1879），盛京圍場開放，設(shè)置海龍廳。
光緒二十八年（1902），海龍廳升為府，本縣屬海龍府。
清宣統(tǒng)元年（1909），奉天將海龍府東南“振、興、保、甲、綏、聚、遠(yuǎn)、方”八社劃出，建立輝南直隸廳，治所先擬在大肚川（今撫民鎮(zhèn)），后定在謝家店（今輝南鎮(zhèn)），隸屬奉天省東邊道兵備道臺(tái)衙門。
1913年，改廳為縣。
1919年，將8個(gè)社改為8個(gè)區(qū)。
1923年，將8個(gè)區(qū)又改為8個(gè)社，原冠于社首的“�！弊指臑椤拜x”字。
1925年，將8個(gè)社改為4個(gè)區(qū)。
1928年，廢除區(qū)制。
1929年，改奉天省為遼寧省。
1931年，“九一八”事變后，本縣淪為殖民地。
1932年3月，成立偽輝南縣公署，隸屬偽奉天省。
1937年，設(shè)置偽通化省，本縣屬之。
1941年，金川縣撤銷，所轄的樣子哨街、板石河村、大椅山村、小金川村劃入本縣。
1943年，朝陽鎮(zhèn)由海龍縣劃入本縣。
1945年8月15日，日本投降后，八路軍東北挺進(jìn)縱隊(duì)一支隊(duì)進(jìn)駐輝南縣。
1945年11月25日，成立輝南縣民主聯(lián)合政府，隸屬安東省通化專員公署。
全縣劃為8個(gè)區(qū)。
1946年2月，本縣劃歸遼北省。
1946年5月，本縣劃歸遼寧省。
1946年7月21日，遼寧省分委將所屬縣市劃為四個(gè)專署，本縣屬第四專署。
1948年9月4日，遼寧省所轄之通化地區(qū)劃歸安東省，成立通化行政督察專員公署，本縣屬之。
1949年，全縣劃為2個(gè)鎮(zhèn)8個(gè)區(qū)。
1949年5月9日，遼寧省與安東省合并成立遼東省，本縣隸屬遼東省通化行政督察專員公署。
1949年10月1日，中華人民共和國成立以后，本縣仍屬遼東省通化地區(qū)行政督察專員公署。
1951年，撤銷三區(qū)，原八區(qū)改為三區(qū)，全縣為2個(gè)鎮(zhèn)7個(gè)區(qū)。
1954年8月24日，通化地區(qū)劃歸吉林省，本縣歸吉林省通化地區(qū)專員公署所屬。
1956年3月，改區(qū)村制為鄉(xiāng)鎮(zhèn)制，全縣建立29個(gè)鄉(xiāng)、1個(gè)區(qū)級鎮(zhèn)、2個(gè)鄉(xiāng)級鎮(zhèn)，設(shè)輝南、樣子哨2個(gè)區(qū)。
1957年，黑魚溝、三家子由柳河縣劃入本縣。
1957年7月，改設(shè)金川、撫民、石道河3個(gè)區(qū)。
1958年3月，全縣調(diào)整為3個(gè)鎮(zhèn)17個(gè)鄉(xiāng)。
1958年9月，全縣在人民公社化中建立11個(gè)人民公社。
1960年，新立、西郊、石頂子由海龍縣劃入本縣。
1961年，將11個(gè)人民公社調(diào)整為15個(gè)人民公社。
1962年，將15個(gè)人民公社調(diào)整為21個(gè)人民公社。
1965年，全縣調(diào)整為4個(gè)城鎮(zhèn)人民公社，17個(gè)農(nóng)村人民公社。
1980年，原輝南人民公社分為輝南、永興2個(gè)人民公社。
1983年，人民公社體制進(jìn)行改革，22個(gè)人民公社改為4個(gè)鎮(zhèn)、18個(gè)鄉(xiāng)。
1983年9月26日，樓街鄉(xiāng)改為樓街朝鮮族鄉(xiāng)。
1984年，輝南鄉(xiāng)與永興鄉(xiāng)合并為輝南鄉(xiāng)，樣子哨鎮(zhèn)與樣子哨鄉(xiāng)合并為樣子哨鎮(zhèn)，石道河鄉(xiāng)改為石道河鎮(zhèn)，鎮(zhèn)郊鄉(xiāng)更名為雙鳳鄉(xiāng)，全縣為5個(gè)鎮(zhèn)、15個(gè)鄉(xiāng)（包含1個(gè)民族鄉(xiāng)）。
1985年3月，通化地區(qū)劃分為通化、渾江、梅河口（地區(qū)級市）3個(gè)市，本縣歸梅河口市所屬。
1986年1月，梅河口市降格為縣級市，本縣歸通化市所屬。
1986年，輝南鎮(zhèn)與輝南鄉(xiāng)合并為輝南鎮(zhèn)，輝發(fā)城鄉(xiāng)改為輝發(fā)城鎮(zhèn)，全縣7個(gè)鎮(zhèn)，12個(gè)鄉(xiāng)（包含1個(gè)民族鄉(xiāng)）。
1991，金川鄉(xiāng)、慶陽鄉(xiāng)、高集崗鄉(xiāng)、大椅山鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)，永康鄉(xiāng)更名為團(tuán)林鎮(zhèn)，全縣為12個(gè)鎮(zhèn)，7個(gè)鄉(xiāng)（包含1個(gè)民族鄉(xiāng)）。
1994年，板石河鄉(xiāng)、平安川鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)，安子河鄉(xiāng)并入杉松崗鎮(zhèn)，全縣為14個(gè)鎮(zhèn)，4個(gè)鄉(xiāng)（包含1個(gè)民族鄉(xiāng)）。
2001年10月，雙鳳鄉(xiāng)并入到朝陽鎮(zhèn)，全縣為14個(gè)鎮(zhèn)，3個(gè)鄉(xiāng)（包含1個(gè)民族鄉(xiāng)）。
2005年10月，平安川鎮(zhèn)、高集崗鎮(zhèn)并入朝陽鎮(zhèn)，大椅山鎮(zhèn)并入樣子哨鎮(zhèn)，中央堡鄉(xiāng)并入慶陽鎮(zhèn)，板石河鎮(zhèn)并入樓街朝鮮族鄉(xiāng)，蛟河口鄉(xiāng)并入輝發(fā)城鎮(zhèn)。
全縣為10個(gè)鎮(zhèn)，1個(gè)民族鄉(xiāng)，名稱沿用至今。