鲅魚(yú)圈區(qū)建制前隸屬蓋縣（現(xiàn)蓋州市）管轄。
1974年，為適應(yīng)東北地區(qū)經(jīng)濟(jì)的發(fā)展需要，國(guó)家決定在原遼寧省蓋縣鲅魚(yú)圈鄉(xiāng)建設(shè)營(yíng)口新港（鲅魚(yú)圈港）。
1983年，成立營(yíng)口新港建設(shè)指揮部，開(kāi)始施工建設(shè)，為促進(jìn)港口發(fā)展，提供配套服務(wù)和有力保障。
1984年1月27日，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，原蓋縣鲅魚(yú)圈鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)立鲅魚(yú)圈區(qū)，隸屬營(yíng)口市直接管轄。
1988年1月8日，遼寧省委、省政府決定在鲅魚(yú)圈區(qū)設(shè)立營(yíng)口出口加工區(qū)，起步區(qū)0.5平方公里。
5月1日，營(yíng)口出口加工區(qū)正式開(kāi)工建設(shè)。
8月1日，營(yíng)口出口加工區(qū)管理委員會(huì)正式成立。
1990年8月，采納了聯(lián)合國(guó)開(kāi)發(fā)計(jì)劃署派營(yíng)口考察專家組的建議，把營(yíng)口出口加工區(qū)改名為營(yíng)口新港經(jīng)濟(jì)區(qū)，繼而改稱為營(yíng)口新經(jīng)濟(jì)區(qū)。
1992年4月11日，營(yíng)口市委、市政府決定鲅魚(yú)圈區(qū)與營(yíng)口新經(jīng)濟(jì)區(qū)合并，實(shí)行一套機(jī)構(gòu)兩塊牌子的建制，即在區(qū)政府和管委會(huì)各自職能不變的情況下，實(shí)行統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)、統(tǒng)一規(guī)劃、統(tǒng)一決策、統(tǒng)一實(shí)施。
1992年10月21日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)設(shè)立營(yíng)口經(jīng)濟(jì)技術(shù)開(kāi)發(fā)區(qū)，享受?chē)?guó)家級(jí)開(kāi)發(fā)區(qū)政策，起步區(qū)面積為5.6平方公里。
1993年3月1日，營(yíng)口經(jīng)濟(jì)技術(shù)開(kāi)發(fā)區(qū)管委會(huì)與鲅魚(yú)圈區(qū)政府合并方案正式實(shí)施并正常運(yùn)轉(zhuǎn)。
1998年12月，按照遼寧省委、省政府的要求，營(yíng)口市委、市政府出臺(tái)了《關(guān)于調(diào)整理順營(yíng)口經(jīng)濟(jì)技術(shù)開(kāi)發(fā)區(qū)與營(yíng)口市鲅魚(yú)圈區(qū)管理體制的方案》，營(yíng)口經(jīng)濟(jì)技術(shù)開(kāi)發(fā)區(qū)管委會(huì)由市政府授權(quán)，對(duì)區(qū)政府代行領(lǐng)導(dǎo)和管理;區(qū)政府主要職能是為開(kāi)發(fā)區(qū)和港口建設(shè)提供服務(wù)和保障，賦予管委會(huì)作為市政府派出機(jī)關(guān)應(yīng)有的職能，管委會(huì)代表市政府對(duì)開(kāi)發(fā)區(qū)的經(jīng)濟(jì)、社會(huì)發(fā)展和行政事務(wù)實(shí)施統(tǒng)一的領(lǐng)導(dǎo)和管理。
2004年1月8日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)調(diào)整鲅魚(yú)圈區(qū)的行政區(qū)劃，將原蓋州市的熊岳。
紅旗、蘆屯三鎮(zhèn)成建制劃入鲅魚(yú)圈區(qū)。
2015年8月14日，市委恢復(fù)組建了中共鲅魚(yú)圈區(qū)委。