遠在新石器時代，境內就有先民活動，后成為歷代北方游牧民族放牧生息之地。
古為《禹貢》雍州之域。
春秋，屬秦，始皇，置北地郡。
漢，屬北地郡、武威郡、張掖郡。
晉，為前涼、后涼、北涼等所據。
唐，屬河西節(jié)度使。
宋景德中，入于西夏。
元，隸屬甘肅行中書省。
明永樂初，為西部瓦刺地區(qū)。
清康熙，屬和碩特部。
康熙十六年（1677年），為和羅理率部游牧地，康熙三十六年，正式設置阿拉善和碩特旗，直轄于理藩院。
[31]嘉慶二十年至二十三年（1815年一1818年），實施蘇木、巴格行政建制，設8個蘇木、36個巴格。
民國元年（1912年）至民國17年（1928年）11月，國民政府將阿拉善旗在行政上劃歸甘肅省管轄，政治上按蒙古盟旗組織法規(guī)定直屬中央政府蒙藏委員會管理。
民國17年（1928年），設立寧夏行省，阿拉善旗劃給寧夏行省管轄。
民國30年（1941年），在阿拉善旗“紫泥湖”設置治局。
民國36年（1947年），阿拉善旗政府方面仍隸屬中央；旗與省之關系就近接受西北行轅之督導。
1949年，阿拉善旗和平解放。
1950年，阿拉善旗劃歸寧夏省，成立寧夏省阿拉善和碩特旗自治區(qū)人民政府。
1951年，將阿拉善和碩特旗自治區(qū)人民政府改為寧夏阿拉善旗自治區(qū)人民政府。
1954年4月，寧夏省蒙古自治區(qū)成立，阿拉善旗自治區(qū)改稱阿拉善旗，歸寧夏省蒙古自治區(qū)管轄。
9月，寧夏省建制撤銷，阿拉善旗人民政府由甘肅省管轄。
1955年，先后更名為甘肅省蒙古自治州和甘肅省巴彥浩特蒙古自治州。
1956年，設置巴彥淖爾盟，并將阿拉善旗巴彥浩特鎮(zhèn)設為市（縣級市），把阿拉善旗劃歸內蒙古自治區(qū)巴彥淖爾盟，盟府駐地巴彥浩特市。
1958年，巴彥浩特撤市為鎮(zhèn)。
1961年，阿拉善旗劃分為阿拉善左旗、阿拉善右旗。
1969年，阿拉善左旗劃歸寧夏回族自治區(qū)管轄。
1979年，阿拉善左旗劃歸內蒙古自治區(qū)管轄。
1980年，阿拉善盟成立，盟機關駐巴彥浩特鎮(zhèn)，轄阿拉善左旗、阿拉善右旗和額濟納旗，歸內蒙古自治區(qū)管轄。